Пустырник является травянистым растением, высота у которого может достигать до 2 м. Имеет прямостоячий четырехугольный стебель, ветвистые вверху с длинными отстоящими волосками. Листья являются супротивными, черешковыми. Верхние ланцетные, городчато – пыльчатые или трехпальчатораздельные. Цветки мелкие. Чашечка является трубчатой, на котором пять колючих шиловидных зубца, венчик снаружи густоопушенный, двугубый. У верхней губы окраска от розовой до пурпурового у нижней желтоватая, но имеются пурпурные крапинки. Время цветения с июня и до конца августа. В плодах находиться по 4 темно – коричневых орешка. В основном заготавливается верхняя часть растения (длина до 40 см) в периоде цветения. Сырье пустырника состоит из листьев, которые после сушки сохраняют свою темно-зеленую окраску, из стеблей (толщина не более 4 мм), розовых венчиков и зеленых чашечек. Обладают горьким вкусом и слабым запахом.